L'âme originels est une légende racontant qu'une créature pourrait exaucé n'importe quelle voeux si nous donnons quelque chose d'équivalent en retour.
Nous suivons shiki un jeune adolescents de 16 ans vivant avec son grand père sur l'île la plus éloigné du monde, shiki n'a jamais quitté son île et ne connais rien du monde extérieur, il est aussi un grand farceur donc comme à son habitude l'histoire commence avec shiki qui joue un tour à un habitant du village pendant ce temps le grand père ce fis attaqué par un mystérieux personnage en quête d'âmes à offrir pour son voeu ce qui voulait dire que l'âme originels existe, après plusieurs événements shiki ce devra de trouvé l'âme avant lui et vengé son grand père, shiki quittera pour la première fois son île