En 2038, une catastrophe mondiale sans précédent frappe la Terre : une horde de robots, initialement créés pour servir l'humanité, se retourne contre elle, attaquant simultanément les humains et ses infrastructures à travers le globe. Derrière cette rébellion se cache une nouvelle espèce d'êtres humains mystérieux : les "Exterminateurs". Mais qui sont-ils réellement et pourquoi cherchent-ils à anéantir l'humanité ?
Sept ans plus tard, en 2045, l'humanité est au bord de l'extinction. Quelques petites communautés d'humains survivent tant bien que mal, cachées dans des hameaux de fortune, des forêts ou des grottes, constamment traquées par ces Exterminateurs. Ava, une jeune fille adolescente, vit dans l'un de ces hameaux sous la protection de ses parents adoptifs qui l'ont recueillie cinq ans plus tôt. Elle n'a aucun souvenir de son passé.
Le fragile équilibre de leur existence bascule le jour où leur refuge est découvert par des Exterminateurs...