Rebellion prend place dans un monde fantastique post apocalyptique où les monstres ont envahis l’humanité. Les hommes se font décimer petit à petit et la population a baissé les bras face à cette menace ingérable. Mais les Souls Keepers, brigade dont le but est d’aider la population, a encore espoir que le monde puisse être sauvé. Ulyke, alors âgé de 19 ans, voyage avec ses confrères à travers le monde afin de redonner espoir en l’humanité et éradiquer ce nouveau fléau.